Die Glasfenster im Chorraum stammen aus dem Atelier Linnemann und Söhne (Frankfurt am Main). Sie orientieren sich an mittelalterlichen Vorbildern, z.B. an Rogier van der Weyden (15.Jh.). Thematisch beziehen sie die Legendenbildung um Maria Magdalena mit ein (im Unterschied zu den Fresken).Von besonderem Reiz ist im Mittelfenster die Begegnung der Maria Magdalena und dem Auferstandenen (Johannes 20, 17: „Rühre mich nicht an“ – „Noli me tangere“).Das Nordostfenster thematisiert die Kreuzabnahme sowie die Szene mit der Sünderin Maria Magdalena. Im Südostfenster sehen wir die Darstellung der Grablegung.